现行税收制度下，我国企业和个人持有国债获得的利息收入免税。在相当长的时间内，这对提升投资者认购国债积极性、促进国债发行，发挥了重要作用。然而，随着我国金融体制改革深入和债券市场发展，该政策与当今市场化的金融环境已不相适应，不利于健全国债收益率曲线及降低财政实际融资成本。从改革与发展的全局考虑，建议取消国债利息收入免税政策。
该政策的负面影响，主要体现在以下几点：一是降低了国债二级市场流动性。国债利息免税政策促使商业银行倾向于将国债持有至到期而非交易，因此降低了国债二级市场流动性。2015年，政策性金融债年换手率达到288%，而国债年换手率仅为91%。二是不利于健全反映市场供求关系的国债收益率曲线。由于只有国债利息收入享有免税政策，在使用国债收益率作为定价基准时，这影响国债收益率曲线的精准性。
三是增加财政实际融资成本。长期以来国债与政策性金融债之间收益率的差别，远低于25%的企业所得税税率，这表明在剔除税收因素后，国债收益率相对于政策性金融债偏高，等于增加了财政实际融资成本。
四是影响基金、理财等机构投资者的参与积极性。从持有收益的角度来看，免税政策对基金、理财等没有特别吸引力，其在配置利率债时，偏好选择政策性金融债以获取较高收益。
而眼下，取消国债利息收入免税政策既有国际经验借鉴和现实意义，又有可行时机。从国际经验看，出于促进国债市场与整个金融、资本市场兼容发展等方面的考虑，美、英、德等多数发达国家并不将国债利息收入列为免税项目。促进商业银行等金融机构积极参与国债二级市场，丰富国债投资者结构，也能提升国债二级市场流动性和定价效率，推动债券市场长期健康发展。
何况，取消免税政策不会增加财政负担。表面上看，取消免税政策将导致国债发行利率上升加大财政成本。但实际上，这一部分增加的财政成本又以税收方式回流，相当于从财政“左口袋”转移到了“右口袋”，且比照政策性金融债分析预测，取消免税政策后税收增加幅度将会高于利息支出的增加幅度，财政融资成本更低。
取消也不会对国债发行产生负面影响。目前，国债市场化发行机制已相当成熟，滚动发行、续发行等制度完善，发行渠道顺畅，效果良好。面对居民个人发行的国债已降低到6.5%左右的份额，同时，国债具有的多种特有优势已使其成为各类金融机构资产配置时不可替代的基础工具。因此，取消免税政策不会降低各类投资者购买国债的积极性，不会对国债发行产生负面影响。
取消免税政策，还有利于提高国债对海外投资者的吸引力，助推人民币国际化。人民币实现国际化的必要条件之一是具有国际化的金融资产作为海外人民币持有者的投资标的，而国债则是最佳选择。取消免税政策后，由于国债名义收益率上升，同时境外投资机构又无需在国内缴纳企业所得税，因此将大大提高国债对海外投资者的吸引力，推动我国国债“走出去”。
综合考虑我国当前国债种类、投资者结构及相关税制，我认为，取消免税政策可采取以下思路：对持有记账式国债获得的利息收入，机构投资者征收25%的企业所得税、个人投资者征收20%的个人所得税;对个人投资者持有的储蓄国债利息收入征收20%的个人所得税。同时，应做好必要的宣传工作，使投资者、特别是个人“散户”知晓实际收益水平将与过去大体相当这一关键信息。(全国政协委员，著名经济学家)
